A Sociedade do Anel se desmanchou após a morte de Gandalf e o ataque de Uruk-hais. Boromir morreu; Frodo e Sam continuam no caminho da Montanha da Perdição; Pippin e Merry foram capturados pelos Uruk-Hai; e Aragorn, Legolas e Gimli foram a seu resgate.
Ao descerem os Emyn Muiul, Frodo e Sam encontram-se com Gollum ao qual subjulgam e o tornam seu guia para o Portão Negro, a entrada de Mordor. Aragorn, Legolas e Gimli entram nas planícies do reino de Rohan na caçada aos orcs.
Saruman ataca o Folde Ocidental de Rohan e nesta batalha mata o príncipe Théodred. Éomer, Marechal dos Cavaleiros de Rohan, é exilado do palácio e do reino com seus homens pelo conselheiro do rei, Gríma Língua-de-Cobra. Nas planícies do norte, ele e seus cavaleiros atacam e destroem o grupo de orcs que raptaram Merry e Pippin. Os hobbits fogem para dentro da Floresta de Fangorn, onde encontram o ent Barbárvore e levam os ents a se unirem num conselho, o Entebate, onde devem decidir se partem ou não em guerra aberta contra Saruman.
Frodo, Sam e Gollum cruzam os Pântanos Mortos ao norte de Mordor, onde voltam a ver um dos Espectros do Anel montado agora num Falcão-do-Inferno. Após conhecerem Éomer; Aragorn, Legolas e Gimli entram em Fangorn onde encontram Gandalf, vivo e vestido de branco. Este, montado em seu cavalo Shadowfax, os leva para Edoras, onde está o palácio do rei de Rohan.
Ao chegarem ao Portão Negro, Gollum detém os hobbits e revela sobre outra entrada, mais secreta, por onde ele saiu de Mordor, Frodo resolve confiar na criatura e seguir por este novo caminho. Em Edoras, Gandalf desmascara a aliança de Gríma com Saruman e liberta o rei Théoden dos encantos destes. Théoden expulsa Gríma de Rohan e sepulta o corpo de seu filho Théodred, em seguida parte com o povo de Edoras para o Abismo de Helm. Gandalf, preocupado com o ataque de Saruman, parte para buscar ajuda.
Em Ithilien, terras pertencentes ao antigo reino de Gondor, os hobbits são capturados por Faramir e seus homens, guardiões destas terras, que os levam prisioneiros. No caminho para o Abismo de Helm, Aragorn recorda de quando dispensou Arwen de qualquer compromisso com ele, para que ela pudesse partir com seu povo.
Os refugiados são atacados por wargs montados, enviados por Saruman, e Aragorn acaba caindo de um penhasco durante o combate. Em Valfenda, Elrond convence sua filha Arwen a partir da Terra-Média. De Isengard, Saruman lança seus exércitos sobre Rohan.
Em Ithilien, Faramir captura Gollum e descobre a verdade sobre a missão de Frodo e Sam. Ele resolve impedí-los e levá-los para seu pai em Gondor. Aragorn se recupera e chega ao Abismo onde alerta o rei dos exércitos inimigos que se aproximam. Antes da batalha iniciar, uma tropa de arqueiros élficos, liderados por Haldir de Lórien, chega ao Abismo para auxiliar os rohirrim. Durante a batalha, os orcs utilizam explosivos para derrubar as muralhas e Haldir é morto.
Os ents decidem não se arriscarem na guerra e Barbárvore leva os hobbits embora, mas ao avistar a devastação que Saruman causou à floresta, parte em marcha com os ents para destruir Isengard.
Passando por Osgiliath, que está sob ataque inimigo, Sam revela a Faramir sobre a morte e traição de seu irmão Boromir. Um dos Espectros chega a cidade e os dois o impedem de capturar Frodo. Gandalf chega com Éomer e seus cavaleiros ao Abismo de Helm e destroem os exércitos de Saruman. Os ents atacam e inundam Isengard, destruindo as máquinas e forjas do mago. Faramir decide libertar Frodo, Sam e Gollum e não intervir em sua missão.
