Aragorn, Legolas e Gimli seguem os rastros dos hobbits capturados (Merry e Pippin) e o caminho condu-los até a Floresta de Fangorn. Nela encontram o Mago Branco que inicialmente pensam ser Saruman, o traidor. No entanto, o velho enigmático revela-se Gandalf, que morreu enfrentando o Balrog e retornou da morte para cumprir sua missão na Terra-Média.
Os quatro seguem então para Rohan, Terra dos Cavalos. Sua capital Edoras fica no alto de uma colina, onde os rohirrim ergueram Meduseld, O Palácio Dourado. Nele vive o rei Théoden , cuja mente fora envenenada por Saruman através de um agente infiltrado, o conselheiro Gríma Língua-de-cobra. Gandalf expulsa Grima, cura o rei de seus males, e o aconselha a enfrentar a ameaça de Saruman e partir rumo a Isengard, fortaleza de Saruman, com todos os guerreiros disponíveis.
Enquanto isso, os hobbits Merry e Pippin conseguem escapar dos uruk-hais, e fogem para o interior da Floresta de Fangorn. Lá encontram Barbárvore, um Ent, um gigante em forma de árvore, e cujas origens remontam a tempos muitíssimo mais antigos que a Terceira Era, na qual se passa essa história.
Barbárvore leva Merry e Pippin a sua casa, onde descansam enquanto os Ents são convocados para uma reunião (o "Entebate") no qual se discute, na lentíssima língua dos ents, o que fazer com o Inimigo Saruman. Os Ents decidem ir à guerra e partem rumo a Isengard. Os Ents invadem a fortaleza de Saruman, massacram os odiados orcs, que haviam derrubado muitas árvores de Fangorn, e apagam as fornalhas de Isengard desviando o curso do Rio Isen. Todo o círculo de Orthanc é inundado, ficando Saruman isolado pelas águas em sua Torre de pedra.
De volta a Rohan, o rei Theoden envia velhos, mulheres e crianças para a segurança do Templo da Colina, um refúgio nas montanhas, enquanto os cavaleiros de Rohan partem em direção a Isengard. Entretanto, são obrigados a fazer um desvio que os leva até o Abismo de Helm, um estreito desfiladeiro onde os rohirrim construíram uma fortaleza de pedra (o Forte da Trompa"). Nela, as tropas de Rohan buscam refúgio mas acabam sitiadas pelos Uruk-hai de Saruman. Após horas de batalha sangrenta, os orcs são derrotados com a ajuda de outras tropas de Rohirrim, trazidas por Gandalf. Os Orcs remanescentes fogem mas são massacrados pelos Huorns, Ents mais arvorescos, que buscam vingança pela destruição da Floresta de Fangorn.
Finda a Batalha do Abismo de Helm, o rei Theoden, Gandalf, Aragorn, Legolas e Gimli, cavalgam até Isengard. Ao chegarem lá, encontram Merry e Pippin sãos e salvos, e surpreendem-se com os hobbits se fartando com as provisões de comida, vinho e fumo da fortaleza do Inimigo. Numa última e desesperada tentativa, Saruman procura seduzir o grupo com sua voz persuasiva, quase hipnótica, mas Gandalf anula o feitiço e ainda o expulsa da ordem dos Istari, quebrando seu bastão. Nesse momento, Gríma língua-de-cobra atira da Torre de Orthanc um Palantír, pedra vidente que é capaz de comunicar-se com outras semelhantes. Gandalf recolhe-a para posterior averiguação.
À noite no acampamento, Pippin, em sua incontrolável curiosidade, agarra o Palantír e olha para o seu interior, e numa visão, vê o próprio Sauron, mas por sorte não revela nada dos planos dos povos livres, e ainda vê uma parte dos planos do Senhor dos Anéis: seu primeiro ataque será contra a capital do Reino de Gondor, a cidade de Minas Tirith.
Gandalf parte então com Pippin para Minas Tirith a fim de alertar Gondor da guerra iminente, encerrando assim a primeira parte de As Duas Torres.
A segunda parte do livro, que fala sobre Frodo e Sam, inicia-se com a captura de Gollum. Em troca de sua liberdade, ele promete levar os dois até Mordor, onde fica a Montanha da Perdição. Assim é feito.
Mas Gollum não é totalmente fiel, nem totalmente sincero. Apenas Sam é capaz de perceber suas verdadeiras intenções. Gollum é uma criatura velha e "pegajosa" que já foi parecido com um hobbit, mas que foi possuído pelo poder do Um Anel, e jamais conseguiu libertar-se dessa atração: um lado de sua personalidade dividida quer levar os hobbits até Mordor em segurança, mas a outra pretende matá-los e apossar-se do Anel que lhe foi roubado.
Atravessando vários lugares, os hobbits são guiados até o Portão Negro de Mordor, mas este está fechado, e os hobbits, conduzidos por Gollum, seguem outro caminho.
Ao pararem para descansar e comer, Frodo e Sam testemunham uma batalha entre Homens de Gondor e os Haradrim, aliados de Sauron. Gollum desaparece e os hobbits são capturados por uma patrulha chefiada por Faramir, irmão de Boromir. Frodo e Sam são levados até um esconderijo situado atrás de uma cachoeira onde Sam inadvertidamente revela o objetivo da missão (a destruição do anel do poder).
Frodo repreende Sam e teme que Faramir seja como seu falecido irmão e queira tomar o anel para si. Entretanto, para sua surpresa, Faramir revela grande força de caráter e nobreza de coração, e os liberta para que possam cumprir sua tarefa.
Os hobbits reiniciam sua jornada para Mordor, com Gollum como seu guia, e decidem atravessar as montanhas através de Cirith Ungol, local de má fama, considerado maldito e perigoso. Este caminho os leva até uma escada talhada em um paredão de rocha, que termina num túnel. O plano de Gollum, que se rendeu ao mal, é guiá-los através desse túnel e lá dentro entregá-los a Laracna, uma aranha gigantesca, descendente da terrível Ungoliant. O esquema de Gollum funciona em parte: Frodo é picado por Laracna, mas Sam luta desesperadamente contra o terrível aracnídeo e acaba derrotando-o com um golpe de espada num ponto fraco de sua couraça.
Convicto da morte de Frodo, Sam decide assumir o fardo do anel e completar a missão de seu mestre. Nesse ínterim, uma patrulha de orcs se aproxima, e Sam volta para evitar que o cadáver de Frodo vire carniça de orcs. Sam ouve a conversa dos servos de Sauron e tem um choque ao saber que Frodo na verdade não estava morto, apenas inconsciente.As Duas Torres termina com os orcs levando o adormecido Frodo para a Torre de Cirith Ungol e com o Hobbit Samwise Gamgee em desespero, que tem de escolher entre continuar a missão do Anel ou tentar salvar Frodo das garras dos orcs.
